Los primeros presos llegaron a bordo del buque " 1 de mayo" en 1896, el régimen aplicado se baso en el trabajo retribuido y una severa disciplina. De este presidio se alimentaba toda la región, las necesidades de la población estaban cubiertas por la cárcel.

Los penados trabajaban en los talleres radicados en del presidio, que incluían fotografía, impresión, sastrería, carpintería, panadería, servicio médico y farmacia.

El presidio funcionó desde 1896 hasta 1947, hoy en día se pueden recorrer sus pabellones, visitar sus celdas- habitaciones para convictos. En el pabellón N° 4 funciona el Museo Marítimo de Ushuaia, exhibe una colección de reproducciones a escala de las naves del descubrimiento y colonización, además de fotos y objetos referidos a la historia de la provincia de Tierra del Fuego.

Muestras permanentes:

-Maquetas y modelos navales que recrean la historia de Tierra del fuego y la evolución de la construcción naval.

-Canoas de la región, modelos y breve explicación de qué grupos las usaban.

-Muestra del Antiguo Presidio. Breve recorrida donde se explica desde la primera Cárcel de Tierra del Fuego (1896) y la intención de una Colonización Penal, a la construcción del actual edificio, la vida de los reclusos, trabajos, castigos, cierre y la triste historia de algunos de sus principales ocupantes.

-Muestra postal y filatélica.

-Muestra de Fauna Austral y su relación con el Hombre.

-Muestra permanente de temas Antárticos.

-Muestra permanente de la Policía Provincial.

-Muestra permanente del servicio de Hidrografía Naval.

-Muestra permanente del Servicio Penitenciario de la Nación.

-Muestra fotográfica de la evolución de la ciudad de Ushuaia.

-Muestra de los buscadores de oro, en la historia y en la actualidad.

-Los pioneros y los viejos pobladores. Se trata de una serie de salas (ex celdas) donde se tratan distintos aspectos de la radicación del europeo en Tierra del Fuego.

-Muestra del patrimonio arquitectónico urbano austral.

-Galería de Arte, donde se desarrollan exposiciones de artistas patagónicos y de temas patagónicos. Se realizan distintos talleres de plástica y fotografía.

-Biblioteca, Videoteca y Hemeroteca Roberto J. Payró. Posee material de la antigua biblioteca del presidio, de la Base Naval y libros sobre la Patagonia Austral, Antártida e islas del Atlántico Sur. Mapoteca.